Quang Trung được thờ tại chùa Bộc ở Hà Nội. Bức tượng Quang Trung trong chùa được tạc vào thời kỳ Nhà Nguyễn đang truy diệt tất cả những gì liên quan đến Nhà Tây Sơn, tượng có dòng chữ "Bính Ngọ tạo Quang Trung tượng".[157] Hàng năm, vào ngày mồng 5 Tết âm lịch, tại quận Đống Đa – Hà Nội thường tổ chức hội Gò Đống Đa để kỷ niệm chiến thắng Ngọc Hồi – Đống Đa đánh tan quân Thanh của vua Quang Trung. Dịp kỷ niệm 200 năm chiến thắng Đống Đa, khu tượng đài Quang Trung được xây dựng tại khu vực này.

Phòng tuyến Tam Điệp ở thành phố Tam Điệp tỉnh Ninh Bình là một quần thể các di tích lịch sử ghi dấu cuộc chiến tranh giữa nghĩa quân Tây Sơn và Nhà Thanh. Quần thể di tích này thuộc khu vực dãy núi Tam Điệp, là ranh giới tự nhiên hiểm yếu ngăn cách hai miền Trung – Bắc. Đây là nơi hội quân một thời oai hùng của Quang Trung với những cái tên đèo Ba Dội, núi Gióng Than, đồi Hầu Vua, đồi Chuông, đền Thượng, đền Quán Cháo, đền Dâu… Những đồn lũy Tam Điệp, Quèn Rẻ, Quèn Thờ, Luỹ Chẹn, Luỹ Đệm, Luỹ Đền…, ải Quang Trung, Kẽm Đó – cổ họng hiểm yếu nhất Tam Điệp… Lũy Quèn Thờ là vùng đồi núi, rừng rú hoang vu, năm xưa khi thân chinh ra Bắc, vua Quang Trung đã lên thắp hương xin kế phá giặc ở đây. Tương truyền ngôi đền thờ thần Cao Sơn trước đó ở giữa lưng chừng núi. Vua Quang Trung đã được thần báo mộng và nhắc nhở xây đền lên đỉnh núi nếu thắng trận. Sau khi thắng trận vị vua này đã cho di dời Đền lên đỉnh núi. Đền Quán Cháo là nơi thờ cô gái dâng cháo cho quân lính Tây Sơn trước giờ xung trận. Đền thờ Quang Trung được xây dựng ở thành cổ Tam Điệp ngay trong thời Nhà Nguyễn. Quảng trường, tượng đài Hoàng đế Quang Trung được nhân dân Ninh Bình xây dựng tại xã Quang Sơn, thành phố Tam Điệp.

Tại thành phố Quy Nhơn, tỉnh Bình Định cũng có tượng đài Hoàng Đế Quang Trung, đặt tại Bảo Tàng Quang Trung.

Tên Nguyễn Huệ hoặc niên hiệu Quang Trung của ông được đặt cho các đường phố, phường xã ở các thành phố lớn Việt Nam (Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh, Cần Thơ, Vinh, Phan Thiết, Hạ Long, Uông Bí, Quảng Yên, Bến Tre, Tam Điệp, Ninh Bình...). Ở Hà Nội, phố Quang Trung được đặt trên di chỉ cũ của phủ Chúa Trịnh là nơi ông từng đóng quân khi tiến vào Thăng Long năm 1786 và cũng là nơi cử hành hôn lễ giữa ông và công chúa Lê Ngọc Hân.[158] Ở Thành phố Hồ Chí Minh, có một ngôi miếu nhỏ của ông tọa lạc tại Quận 12, gần Công viên phần mềm Quang Trung.